Στο προηγούμενο σημείωμα παρουσιάσαμε τις δυο κυρίαρχες μορφές θεώρησης των αντικειμένων της επιστήμης της βιολογίας, δηλαδή των βιολογικών ειδών, τον ιδεαλιστικό ρεαλισμό και τον εμπειριστικό / νομιναλιστικό κονστρουκτιβισμό. Η πρώτη θεωρεί τα είδη ως υλοποιήσεις οντολογικά ανεξάρτητων μορφών ή τύπων, ενώ η δεύτερη θεωρεί τις μορφές και τους τύπους νοηματικές αφαιρετικές κατασκευές που βασίζονται στη σύγκριση των μεμονωμένων οργανισμών. Στο πρώτο τρίτο του 19ου αιώνα, η διαμάχη ανάμεσα σε αυτές τις δυο θεωρήσεις είχε φτάσει σε μια πρώτη κορύφωση, καθώς οι βιολόγοι προσπαθούσαν να οργανώσουν την πλημμύρα των εμπειρικών δεδομένων που παρήγαγαν η εξερεύνηση των έως τότε άγνωστων περιοχών της υφηλίου και η ραγδαία εξελισσόμενη επιστήμη της γεωλογίας, που έφερνε στο φως όχι μόνο νέα πετρώματα αλλά και απολιθώματα άγνωστων οργανισμών.
Όπως είδαμε στο τρίτο μέρος, η επικρατούσα άποψη στους επιστημονικούς κύκλους της εποχής ήταν ότι η εναλλαγή των οργανισμών ήταν απόδειξη της ύπαρξης μιας εξελικτικής διαδικασίας, η οποία κατά τον Λαμάρκ πηγάζει από την, σε κάθε έμβιο ον, εγγενή ορμή να «οικειοποιηθεί» το περιβάλλον του, καθώς προσπαθεί να επιβιώσει σε αυτό. Οι ιδέες του Λαμάρκ βρήκαν έναν θερμό υποστηρικτή στον Ετιέν-Ζοφρουά Σαιν Ιλαίρ, ο οποίος το 1793 διορίστηκε στην έδρα της ζωολογίας στο από τη Γαλλική Εθνοσυνέλευση ιδρυθέν Εθνικό Μουσείο Φυσικής Ιστορίας. Η κύρια θεωρητική διαφορά ανάμεσα στον Λαμάρκ και τον Σαιν Ιλαίρ έγκειται στην άποψη του τελευταίου ότι όλοι οι ζωικοί οργανισμοί, ανεξάρτητα από τη συνομοταξιακή τους κατάταξη, υλοποιούν έναν ενιαίο τύπο του ζωικού όντος – κατ’ αναλογία πρέπει να υποθέσουμε ότι όλοι οι φυτικοί οργανισμοί υλοποιούν έναν ενιαίο τύπο του φυτικού όντος. Η διαφοροποίηση σε είδη οφείλεται στην επίδραση περιβαλλοντικών δυνάμεων, οι οποίες όταν είναι αρκετά ισχυρές προκαλούν «άλματα» στη συνέχεια των γενεών, δημιουργούν δηλαδή απογόνους-τέρατα οι οποίοι θέτουν τη βάση της δημιουργίας ενός νέου είδους. Κατά τον Σαιν Ιλαίρ, όλοι οι ζωικοί οργανισμοί έχουν έτσι μια ανάλογη δομή, κάτι που αποδεικνύεται π.χ. από το γεγονός ότι οι οφθαλμοί των ασπόνδυλων μαλακίων έχουν την ίδια δομή με τους οφθαλμούς των σπονδυλωτών – σήμερα γνωρίζουμε ότι αυτό δεν ισχύει και ότι πρόκειται για μια περίπτωση παράλληλης εξέλιξης.
Με άλλα λόγια, ο Σαιν Ιλαίρ προσπάθησε να συνδυάσει την εξελικτική θεωρία του Λαμάρκ με μια «ήπια» μορφή ρεαλισμού ενός βασικού τύπου, αποφεύγοντας έτσι τα λογικά προβλήματα που απορρέουν από μια καθαρά νομιναλιστική προσέγγιση του είδους.
Ο Ζωρζ Κυβιέ είχε μια διαμετρικά αντίθετη αυστηρά ρεαλιστική προσέγγιση, η οποία τον θεμελίωσε ως το «αντίπαλο δέος» απέναντι στους οπαδούς της ιδέας της συνεχούς εξελικτικής διαφοροποίησης, είτε στη λαμαρκιανή εκδοχή της είτε σε αυτή του Σαιν Ιλαίρ. Η καριέρα του στην ευρωπαϊκή Μέκκα των επιστημών του19ου αιώνα, το Παρίσι, τον έφερε σε πολλά ακαδημαϊκά και πολιτικά αξιώματα και του έδωσε μεταξύ άλλων τη δυνατότητα να θεμελιώσει την επιστήμη της παλαιοντολογίας. Οι έρευνές του σε αυτόν τον τομέα τον οδήγησαν στο συμπέρασμά ότι κάθε ζωικό είδος είναι ένα οργανικό όλον, το οποίο δεν επιτρέπει επιμέρους αλλαγές. Ο Κυβιέ εξηγούσε την εναλλαγή των ειδών ως αποτέλεσμα τεράστιων καταστροφών γεωλογικής και κλιματολογικής προέλευσης –σεισμών, κατακλυσμών, αναμορφώσεων της επιφάνειας της Γης–, οι οποίες έχουν συνέπεια την καθολική εξαφάνιση ειδών και την αντικατάστασή τους από νέα είδη τα οποία μεταναστεύουν από άλλες περιοχές και καλύπτουν το κενό που έφερε το συγκεκριμένο καταστροφικό συμβάν. Παρ’ όλο που ο Κυβιέ ήταν πιστός Λουθηρανός, η θεωρία του των καταστροφών δεν είναι συνδεδεμένη με αυτό που σήμερα ονομάζεται «Δημιουργισμός», δηλαδή την άποψη ότι τα είδη των έμβιων όντων είναι άμεσα αποτελέσματα της δράσης του Θεού. Η θεωρία του Κυβιέ είναι βασισμένη αποκλειστικά σε εμπειρικά γεωλογικά ευρήματα και στην ιδέα ότι ένα βιολογικό είδος υλοποιεί έναν οργανικά δομημένο τύπο όπου η αιτιοκρατική σχέση ανάμεσα στο όλον του έμβιου όντος και τα μέρη του είναι αμφίδρομη: το όλον δηλαδή καθορίζει τη φύση των μερών του και τα μέρη του καθορίζουν τη φύση του όλου.
Σε ό,τι αφορά την προέλευση των τύπων, ο Κυβιέ θεωρεί ότι δεν διαθέτει αρκετά στοιχεία ώστε να απαντήσει σε αυτό το ερώτημα. Εδώ πρέπει να σημειώσουμε ότι η σημερινή παλαιοντολογία και γεωλογία επιβεβαιώνουν ότι στο παρελθόν της Γης συνέβησαν καταστροφές κοσμικού μεγέθους που είχαν συνέπεια την εξαφάνιση πολλών ειδών καθώς και ολόκληρων οικοσυστημάτων. Όμως αυτά τα καταστροφικά γεγονότα δεν μπορούν να είναι το αίτιο της εναλλαγής των ειδών, αλλά το πολύ μια από τις παραμέτρους που καθόρισαν την πορεία της.
Η διαφωνία ανάμεσα στον Σαιν Ιλαίρ και τον Κυβιέ, που τελικά εξελίχθηκε σε αντιπαλότητα, κορυφώθηκε και απέκτησε ευρύτερη δημοσιότητα στη διεθνή επιστημονική κοινότητα της εποχής με τη Διαμάχη της Ακαδημίας των Παρισίων του 1830, με αφορμή την υποστήριξη από τον Σαιν Ιλαίρ της παρουσίασης των ανατομικών εργασιών δυο νέων επιστημόνων, κάτι που ώθησε τον Κυβιέ να της ασκήσει αυστηρή κριτική. Στη διαμάχη αυτή αναμείχθηκε παίρνοντας ενδιάμεση στάση και ο Γιόχαν Βόλφγκανγκ φον Γκαίτε, ο οποίος εκτός από ποιητής ήταν φυσιοδίφης, φιλόσοφος και υπουργός αρμόδιος για τα ορυχεία του Δουκάτου της Σαξονίας - Βαϊμάρης - Άιζεναχ.
Με την αντιπαράθεση των Σαιν Ιλαίρ και Κυβιέ έκλεισε ο πρώτος κύκλος της ανάπτυξης βιολογικών θεωριών της εναλλαγής των ειδών. Η συζήτηση αναζωπυρώθηκε και πήρε καινούργια ορμή με τη δημοσίευση, το 1859, της Καταγωγής των Ειδών του Τσαρλς Ντάργουιν (δηλαδή του Κάρολου Δαρβίνου).
