Η πολιτική δραστηριότητα του Ναβάλνι ενοχλούσε ιδιαίτερα τον Πούτιν, όπως και η ανερχόμενη δημοτικότητά του. Στις 20 Αυγούστου 2020, μεταφέρθηκε εσπευσμένα σε νοσοκομείο. Είχε υποστεί δηλητηρίαση στη διάρκεια αεροπορικού ταξιδιού. Η ζωή του κινδύνευε, γι' αυτό ενδιαφέρθηκε η Γερμανία, έστειλε γιατρούς στη Ρωσία και ο Ναβάλνι μεταφέρθηκε για νοσηλεία στο Βερολίνο και νοσηλεύτηκε μερικές εβδομάδες, ώσπου να διαφύγει τον κίνδυνο.
Μόλις συνήλθε, γνωρίζοντας ότι στη χώρα του κινδυνεύει, θα μπορούσε να μείνει στο Βερολίνο. Αρνήθηκε και επέστρεψε στη Μόσχα για να συλληφθεί αμέσως. Παρά το κύμα συμπαράστασης στο πρόσωπό του, με διαδηλώσεις και βίαια επεισόδια, παλαιότερη φυλάκισή του με αναστολή μετατράπηκε αμέσως σε ποινή κάθειρξης τριάμισι χρόνων σε σωφρονιστικό στρατόπεδο εργασίας, δηλαδή σε γκουλάγκ. Ο Ναβάλνι κατήγγειλε βασανιστήρια, έκανε απεργία πείνας, ζήτησε ιατρική βοήθεια που οι ρωσικές αρχές τού αρνήθηκαν.
Στο μεταξύ, πολλαπλασιάζονταν οι κατηγορίες και οι δίκες, και μαζί οι καταδίκες. Κάποια στιγμή, ο Ναβάλνι εξαφανίστηκε αφού δεν μπορούσαν να εντοπίσουν πού βρίσκεται ούτε οι δικοί του ούτε οι δικηγόροι του.
Τα περασμένα Χριστούγενα, έπειτα από μερικούς μήνες, οι ρωσικές αρχές ανακοίνωσαν ότι «είχε βρεθεί» περίπου 1.600 χλμ. μακριά, στη σωφρονιστική αποικία IK-3 στο Χαρπ, που είναι γνωστή ως «Πολικός Λύκος». Στα πιο σκληρά γκουλάγκ δηλαδή. Στις 23 Ιανουαρίου 2024, είχε τεθεί σε δεκαήμερη απομόνωση επειδή, όπως είχε πει η εκπρόσωπός του, Κίρα Γιάρμις, δεν δήλωσε με τον τρόπο που άρμοζε το όνομά του σε φρουρό.
Στις 16 Φεβρουαρίου 2024 ανακοινώθηκε ότι ο Αλεξέι Ναβάλνι έπεσε νεκρός από άγνωστη αιτία, μετά τον περίπατο των κρατουμένων.
Μόλις έγινε γνωστός ο θάνατός του, πολλοί έσπευσαν να κάνουν δηλώσεις. Από τους πρώτους ήταν ο δημοσιογράφος Ντμίτρι Μουράτοφ, που μετά την εισβολή της Ρωσίας στην Ουκρανία κατέφυγε στην Ευρωπαϊκή Ένωση, ο οποίος δήλωσε στο Reuters ότι ο θάνατος του φυλακισμένου Αλεξέι Ναβάλνι είναι «δολοφονία». Πιστεύει, είπε, ότι οι συνθήκες κράτησής του είναι αυτές που οδήγησαν στο θάνατό του.
Όπως και να 'χει είναι δεδομένο ότι ο Πούτιν και οι μηχανισμοί του καθεστώτος του εξόντωσαν ακόμα έναν πολιτικό αντίπαλο, με τον γνωστό τρόπο που είχε διδάξει ο σταλινισμός τα χρόνια της Σοβιετικής Ένωσης: φυλακίζοντάς τον στα πιο άγρια γκουλάγκ, έρμαιο των συνθηκών της ζωής, του αυταρχισμού της φυλακής και της λήθης.
Ο θάνατος του Αλεξέι Ναβάλνι θα προκαλέσει αντιδράσεις σε όλο τον δυτικό κόσμο, αφυπνίζοντας την αντίθεση των πολιτών στο στυγνό καθεστώς του Πούτιν και στις δολοφονικές μεθόδους του απέναντι σε όποιον βρίσκεται απέναντί του, είτε προσωπικότητα είτε λαός. Ελπίζω ότι και στην Ελλάδα, εκτός των άρθρων και των δηλώσεων που αναμένονται, θα βρεθούν πολίτες να διαδηλώσουν απέναντι στις φονικές μεθόδους του ρωσικού καθεστώτος στην πρεσβεία της χώρας. Είναι η ελάχιστη απότιση τιμής σε έναν γενναίο πολίτη και η ελάχιστη συμπαράσταση σε όσους στη Ρωσία αντιτίθενται στο στυγνό καθεστώς Πούτιν - και στον ουκρανικό λαό που αγωνίζεται εναντίον των αυτοκρατορικών σχεδίων του ρώσου δικτάτορα.
