Σε αυτήν ανήκε και ο Ζαν-Μπατίστ ντε Λαμάρκ (1744-1829), ο οποίος μαζί με τους κατά μια γενιά νεότερούς του Ετιέν-Ζοφρουά Σαιν Ιλαίρ (1772-1844) και Ζωρζ Κυβιέ (1769-1832), έθεσε τα βασικά σημεία της θεωρητικής προσέγγισης στην ιστορική μεταβολή των έμβιων όντων, δηλαδή της βιολογικής εξέλιξης, και μπορεί να θεωρηθεί ο προπομπός των ιδεών του Τσαρλς Ντάρβιν (1809-1882), στις οποίες βασίζονται οι σύγχρονες επικρατούσες εξελικτικές θεωρίες.
Ο Λαμάρκ δεν περιορίστηκε σε μεμονωμένες έρευνες αλλά, στο τρίτομο έργο του Ζωολογική Φιλοσοφία (1809), διατύπωσε μια γενική θεωρία που καλύπτει όλο το φάσμα των έμβιων φαινομένων, από την εμφάνιση και την εξέλιξη της ζωής μέχρι τη λειτουργία του νευρικού συστήματος και τις νοητικές λειτουργίες στα ζώα και τον άνθρωπο. Η φιλοσοφία του Λαμάρκ είναι μονιστική, σενσουαλιστική (σενσουαλισμός: ένα είδος εμπειρισμού που αναπτύχθηκε από τον γάλλο φιλόσοφο Ετιέν Μποννό ντε Κοντιγιάκ 1714-1780) και υλιστική, θεωρεί όμως την ύπαρξη ενός ανώτατου όντος δημιουργού του σύμπαντος ως μια λογική αναγκαιότητα – είναι δηλαδή ντεϊστής. Βασική οντολογική αρχή της ζωολογικής φιλοσοφίας του Λαμάρκ είναι ότι το βιολογικό είδος δεν είναι μια αντικειμενική πραγματικότητα αλλά ένα νοητικό κατασκεύασμα. Το ζωντανό άτομο προηγείται οντολογικά του είδους στο οποίο ανήκει, τα είδη είναι αφηρημένες περιγραφές πληθυσμών ομοίων ζωντανών ατόμων.
Την ποικιλότητα των οργανισμών ο Λαμάρκ την εξηγεί ως το αποτέλεσμα της συνδυαστικής επίδρασης δυο «δυνάμεων». Η διαφοροποίηση στο επίπεδο της οργανισμικής πολυπλοκότητας, δηλαδή η αρχική εμφάνιση ζωντανών οργανισμών και η διαφοροποίησή τους σε συνομοταξίες φυτών και ζώων με αύξουσα οργανισμική πολυπλοκότητα (συνομοταξιακή ταξινόμηση των ζώων κατά Λαμάρκ: εγχυματικά ® μέδουσες ® σκώληκες ® αρθρόποδα ® μαλάκια ® σπονδυλωτά) είναι το αποτέλεσμα της ενέργειας μιας δύναμης προς τη ζωή, η οποία όμως είναι μέρος των φυσικών δυνάμεων και δρα σε τρία επίπεδα: «μετατρέπει» την ανόργανη ύλη σε οργανική, «προωθεί» την οργανισμική πολυπλοκότητα και εμφανίζεται ως τάση ή «ορμή» του κάθε ατομικού έμβιου όντος να επιδιώκει την ατομική του επιβίωση και τον πολλαπλασιασμό του.
Η δεύτερη, προσαρμοστική, δύναμη εμφανίζεται στο επίπεδο της συνομοταξίας και έχει συνέπεια τη διαφοροποίηση των ατομικών έμβιων όντων ανάλογα με το πώς κάθε άτομο αντιμετωπίζει στο περιβάλλον του κάτι που το αναγκάζει να χρησιμοποιήσει μερικά μέρη του περισσότερο από άλλα. Αυτό έχει συνέπεια τη σταδιακή ενίσχυση των μερών που χρησιμοποιούνται και τον σταδιακό μαρασμό εκείνων που πέφτουν σε αχρηστία, όπως κατ’ αναλογία συμβαίνει με έναν αθλητή, ο οποίος ανάλογα με το άθλημά του εξασκεί ορισμένους μύες και παραμελεί άλλους. Εάν αυτή η μεταβολή στα μέλη του οργανισμού λόγω χρήσης ή αχρηστίας εμφανιστεί σε όμοια άτομα διαφορετικού φύλου ή και σε ένα άτομο λίγο πριν από τη συμμετοχή του στην αναπαραγωγή, τότε «κληρονομείται» στους απογόνους του. Έτσι σε κάθε επίπεδο οργανισμικής πολυπλοκότητας λαμβάνει χώρα μια «εσωτερική» διαφοροποίηση σε πληθυσμούς με όμοια γνωρίσματα, που ο ανθρώπινος νους ταξινομεί σε «είδη».
Η θεωρία του Λαμάρκ έμεινε γνωστή στην ιστορία ως «κληρονομικότητα επίκτητων γνωρισμάτων», κάτι που δεν είναι ορθό διότι το «νέο» γνώρισμα, π.χ. το νευρικό σύστημα, δεν δημιουργείται εκ του μηδενός σε ένα άτομο αλλά υφίσταται ήδη στη γενική οργανισμική πολυπλοκότητα ενός συνομοταξιακού επιπέδου και εξελίσσεται σε πολυπλοκότητα σε ζώα ανώτερων συνομοταξιακών επιπέδων, τα οποία είναι «αναγκασμένα» από τις περιστάσεις να βρίσκονται εν κινήσει και να τρέφονται ενεργητικά θηρεύοντας, ενώ σε ζώα που «επέλεξαν» τη στατική ζωή όπως οι σπόγγοι και τα κοράλλια περιπίπτει σε ατροφία. Η σύνδεση του Λαμάρκ με την ιδέα της κληρονομικότητας (εντελώς) νέων επίκτητων γνωρισμάτων στο επίπεδο του ατόμου προέρχεται μάλλον από παρερμηνεία της θεωρίας του, έγινε όμως αφορμή για στείρες διαμάχες τον 19ο και τον 20ό αιώνα.
Οι ιδέες του Λαμάρκ εξηγούν πολλά από τα εμπειρικά παλαιοντολογικά και σύγχρονα ευρήματα της εποχής του, αφήνουν όμως και σημαντικά ερωτήματα χωρίς απάντηση, όπως π.χ. την ανιούσα κλιμακωτή ακολουθία της πολυπλοκότητας των συνομοταξιών και τη γενική δομή κάθε συνομοταξίας (π.χ. γιατί έχουν όλα τα σπονδυλωτά κανένα, δυο ή τέσσερα μέλη;). Την απάντηση, ιδιαίτερα στο τελευταίο ερώτημα, θα προσπαθήσουν να δώσουν οι Σαιν Ιλαίρ και Κυβιέ από δυο διαμετρικά διαφορετικές προσεγγίσεις του έμβιου όντος και του προβλήματος της εξέλιξης. Όμως πριν προχωρήσουμε στις θεωρίες τους θα ασχοληθούμε στο επόμενο σημείωμα με το θεμελιώδες ερώτημα της οντολογικής κατάστασης των ειδών, δηλαδή με το ερώτημα αν είναι μέρος της υλικής πραγματικότητας του κόσμου μας.