Η μεγαλύτερη συμβολή του όμως έγκειται στο ότι ανέπτυξε ένα ολοκληρωμένο σύστημα ταξινόμησης ζώων, φυτών και πετρωμάτων –συμπεριλαμβανομένων των απολιθωμάτων–, επάνω στο οποίο θεμελιώθηκαν τα σημερινά συστήματα ταξινόμησης. Αυτό το Σύστημα της Φύσης, που δημοσιεύτηκε το 1735 στην Ολλανδία, στηρίζεται στην ιδέα του Λινναίου ότι τα είδη είναι πραγματικές και αμετάβλητες «γενικές» οντότητες που καθορίζουν τη φύση των όντων τα οποία ανήκουν σ’ αυτές. Το σύστημα του Λινναίου είναι οργανωμένο κατά το πρότυπο του «πορφυριανού δέντρου», το οποίο με τη σειρά του βασίζεται στην αριστοτελική σχέση μεταξύ γένους και είδους.
Ο Μπυφόν αμφισβητεί και τις τρεις πτυχές του συστήματος του Λινναίου: την πραγματικότητα των ειδών, το πορφυριανό ταξινομικό σύστημά τους και την ιδέα της διαχρονικής σταθερότητάς τους. Βασιζόμενος στη νευτώνεια μηχανική και στην ιδέα ενός ηλιοκεντρικού πλανητικού συστήματος, ανέπτυξε την ιδέα ότι η Γη δημιουργήθηκε από τη σύγκρουση ενός ουράνιου σώματος με τον Ήλιο 75 χιλιάδες χρόνια πριν από την εποχή του. Αυτή η ηλικία της Γης, κατά πολύ μεγαλύτερη από την υπολογισμένη σύμφωνα με το χρονικό των Γραφών «από κτίσεως κόσμου», συμπεραίνεται από μελέτες και πειράματα του Μπυφόν επάνω στον ρυθμό ψύξης πυρακτωμένων σφαιρών από σίδηρο και άλλα υλικά, καθώς και από την παρατήρηση μεταλλωρύχων ότι η θερμοκρασία του εδάφους αυξάνει με έναν σταθερό ρυθμό όσο μεγαλώνει το βάθος από την επιφάνεια της Γης.
Αλλά η πειραματική και παρατηρητική προσέγγιση του Μπυφόν στη χρονολόγηση της Γης και τη δημιουργία της ζωής και η αντίθεσή του στην αριστοτελική «παροντική» ταξινόμηση των ειδών δεν τον οδηγούν στην απόρριψη της αλήθειας της βιβλικής κοσμογονίας – το αντίθετο: όπως και η πλειονότητα των συγχρόνων συναδέλφων του, ο Μπυφόν είναι πεπεισμένος ότι τα ευρήματά του ταυτίζονται με το μήνυμα της βιβλικής διήγησης και επιβεβαιώνουν την ύπαρξη και τη σοφία του Θεού. Η αναντιστοιχία είναι μόνο φαινομενική και οφείλεται στο γεγονός ότι ο συγγραφέας των βιβλικών κειμένων απευθύνεται σε ένα αμόρφωτο κοινό –σε δούλους που μόλις έχουν κερδίσει την ελευθερία τους–, σε μια γλώσσα χωρίς τις απαιτούμενες αφηρημένες έννοιες που θα έκαναν κατανοητή την επιστημονική εξήγηση.
Ο Μπυφόν θεωρεί ότι η βασική πληροφορία της δημιουργίας του κόσμου σε έξι «ημέρες» πρέπει να εννοηθεί ως το γεγονός ότι η δημιουργία του σύμπαντος και της Γης συντελέστηκε σε έξι «φάσεις» με διαφορετική χρονική διάρκεια, τις οποίες ονομάζει «εποχές». Η διαδικασία αυτή επιστεγάστηκε με την έβδομη «εποχή», την εποχή του ανθρώπινου πολιτισμού και της ιστορίας του, που αντιστοιχεί στην έβδομη ημέρα της βιβλικής Δημιουργίας, την ημέρα που ο Θεός αφιέρωσε στο Πνεύμα. Σύμφωνα με τον Μπυφόν, λοιπόν, η Γη δεν περιείχε στο τέλος της δημιουργίας της ένα πλήρες σύστημα ζώων και φυτών, το οποίο τέθηκε στην υπηρεσία του ανθρώπου, αλλά η σημερινή κατάσταση είναι το αποτέλεσμα μιας εξελικτικής διαδικασίας που άρχισε όταν η θερμοκρασία της Γης και κυρίως των ωκεανών έπεσε σε ένα επίπεδο που να επιτρέπει την επιβίωση έμβιων όντων – κάτι που σημαίνει ότι οι πρώτοι οργανισμοί άντεχαν σε υψηλότερες θερμοκρασίες από τις σημερινές. Με την πάροδο του χρόνου και με την προσέγγιση της επιφάνειας της Γης στη σημερινή της κατάσταση, οργανισμοί που πλέον δεν μπορούσαν να επιβιώσουν εξαφανίστηκαν. Τα «ζωικά άτομά» τους όμως –που αντιστοιχούν στις «μονάδες» του Λάιμπνιτς– δεν εξαφανίζονται αλλά αναδιοργανώνονται και δίνουν ύπαρξη σε νέους οργανισμούς που διαφέρουν από τους προηγούμενους. Με αυτόν τον τρόπο, η ζωή στη Γη εξελίσσεται προς όλο και πιο σύνθετες μορφές, με επιστέγασμά της την εμφάνιση του ανθρώπου.
Αντί για ένα σταθερό και αμετάβλητο πορφυριανό δέντρο, οι οργανισμοί σχηματίζουν μια χρονικά εκτεταμένη «φυσική κλίμακα», που αποτελείται από τη σειρά των μεμονωμένων οργανισμών, μια κλίμακα στην κορυφή της οποίας βρίσκονται οι άνθρωποι. Τα «είδη» του Λινναίου δεν είναι, κατά τον Μπυφόν, τίποτε άλλο από χρήσιμες γενικεύσεις του πεπερασμένου ανθρώπινου νου, ο οποίος –σε αντίθεση με τον Θείο Νου– δεν μπορεί να συλλάβει την αποκλειστική φύση κάθε έμβιου όντος.
Ο Μπυφόν μας δείχνει ότι η στατική εικόνα της φύσης αποκαλύπτεται ως το προσωρινό τέλος μιας μακρόχρονης εξελικτικής διαδικασίας, οι μηχανισμοί της οποίας είναι ακόμα άγνωστοι. Φως στο σκοτάδι αυτό θα ρίξει ο Ζαν-Μπαπτίστ ντε Λαμάρκ, στον οποίο οφείλουμε επίσης το χαρακτηρισμό Βιολογία για το νέο πεδίο της επιστήμης.
